Tanrıvari canavarlar Mothra, Rodan ve Godzilla’nın baş düşmanı olan Üç Başlı Kral Ghidorah birbirleriyle mücadeleye girişirler. Antik çağlara ait ve sadece birer mit oldukları sanılan bu süper türlerin hepsi hayata döner dönmez bir üstünlük savaşına girerek insanlığın varlığını tehlikeye sokarlar.